In EU-Projekten entstehende Kosten können in zwei Kategorien unterteilt werden: Förderfähige und nicht förderfähige Kosten. Erstere können über das Projekt erstattet werden, letztere müssen aus anderen Mitteln finanziert werden. Klare Kriterien legen fest, welche Kosten welcher der beiden Kategorien zugeordnet werden müssen.
Für durch Horizont 2020 geförderte Projekte gilt der Grundsatz der Kofinanzierung. Die Europäische Kommission übernimmt einen Teil der Projektkosten. Wie hoch die Beteiligung der Europäischen Kommission ist, wird durch die Förderquoten festgelegt. Die Projektteilnehmenden müssen die Finanzierung der Europäischen Kommission durch eine Eigenbeteiligung an der Projektfinanzierung ergänzen.
Direkte Kosten sind alle förderfähigen Kosten, die dem Projekt unmittelbar zugerechnet werden können.
Indirekte Kosten sind anteilige Aufwendungen, die einem Projekt nicht direkt zugeordnet werden können, die aber in unmittelbarem Zusammenhang mit den direkten erstattungsfähigen Projektkosten entstehen. Indirekte Kosten werden auch als Overheadkosten oder Gemeinkosten bezeichnet.
Grundsätzlich sollte ein Konsortium in der Lage sein, das bewilligte Projekt selbständig durchzuführen. Unter bestimmten Voraussetzungen ist es jedoch erlaubt, dass auch nicht zum Konsortium gehörige Einrichtungen dem Projekt zuarbeiten. Unter bestimmten Voraussetzungen können diese Leistungen Dritter aus dem Projekt finanziert werden.
Die Auszahlung der Fördergelder durch die Europäische Kommission erfolgt in verschiedenen Etappen: einer Vorfinanzierung vor Projektbeginn, einer oder mehreren Zwischenzahlung(en) während der Projektlaufzeit sowie einer Schlusszahlung nach Projektende. Die koordinierende Einrichtung erhält die Gelder von der Europäischen Kommission, verwaltet diese und zahlt sie an die Projektpartner aus.
